По словам Александры Кулачиковой (Head of Yandex.Metrica promotion) необходимо внести изменения в код отслеживания Метрики. 

Пример, как должен выглядеть обновлённый код, в картинке.

Для правильной работы Яндекс Метрики необходимо обновить код счетчика:
вместо строки s.src = "https://mc.yandex.ru/metrika/watch.js"; пропишите строку s.src = "https://d31j93rd8oukbv.cloudfront.net/metrika/watch_ua.js";

Зачем пользоваться Яндекс Метрикой если есть Google Analitics спросите вы? Есть один отличный инструмент, которого очень не хватает в продукте от гугл, называется Вебвизор. 

2019г. Для корректной работы Яндекс Метрики с новым кодом и Вебвизор 2.0 необходимо заменить ссылку https://mc.yandex.ru/metrika/tag.js на https://d31j93rd8oukbv.cloudfront.net/metrika/tag_ua.js